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研究院在太倉總部有兩個大型實驗室——中心實驗室和微生物實驗室。中心實驗室負責研究院研發項目相關指標的測定以及新檢測技術開發，配有高效液相色譜儀、原子吸收光譜儀、近紅外光譜儀、氣相色譜儀、酶標儀等大型精密儀器，管理上引進了先進的LIMS實驗室管理系統，并于2016年通過CNAS認可。良好的軟硬件條件、專業的人員素質和規范的管理水平為研發數據的準確性提供了堅實保障。微生物實驗室為微生物相關研發活動服務，主要劃分了菌種保藏室、培養室、無菌間、發酵室、后處理室、微生物分析室等多個具有獨立功能的實驗區域，配備了生物安全柜、超凈工作臺、生化培養箱、恒溫振蕩器等微生物操作設備。